मार्च, 1995 में स्वास्थ्य और परिवार कल्याण मंत्रालय के तहत भारत सरकार द्वारा इंडिया सिस्टम ऑफ़ मेडिसिन एंड होमियोपैथी (ISM & H) बनाया गया था और इसका नाम नवंबर, 2003 में बदलकर आयुर्वेद, योग और प्राकृतिक चिकित्सा, यूनानी, सिद्ध और होम्योपैथी (आयुष) विभाग कर दिया गया। इसके पीछे उद्देश्य था कि आयुर्वेद, योग और प्राकृतिक चिकित्सा, यूनानी, सिद्ध और होम्योपैथी प्रणाली में शिक्षा और अनुसंधान के विकास पर ध्यान केंद्रित किया जा सके। निदेशालय ने आयुष शैक्षिक मानकों के उन्नयन, गुणवत्ता नियंत्रण और दवाओं के मानकीकरण, औषधीय पौधों की उपलब्धता में सुधार, अनुसंधान और विकास और घरेलू और अंतरराष्ट्रीय स्तर पर प्रणाली की प्रभावकारिता के बारे में जागरूकता पैदा करने पर जोर देना जारी रखा।

भारत सरकार के क़दमों के अनुरूप आयुष कार्यक्रम को क्रियान्वित करने के लिए राज्य सरकार द्वारा समान विभागों या निदेशालयों की स्थापना की गई है। मध्य प्रदेश राज्य के मामले में, आयुष विभाग के तहत आयुष निदेशालय की स्थापना की गई है। आयुष विभाग की गतिविधियां और फोकस राज्य में आयुष गतिविधियों को बढ़ावा देना और मुख्यधारा में लाना है।